途中入社、退社の社員の社会保険料の控除はどのようにすればいいのでしょうか？
控除するタイミングですね。
まず、社会保険の保険料は月単位で考えます。
社会保険の加入については日単位ですが、保険料の徴収は月単位となっています。
それは、社会保険料は健康保険と厚生年金からなっており、厚生年金である年金の計算は、月単位で計算するためです。
従業員からの社会保険料の徴収は
「当月分の保険料を翌月の給与支払日から控除する」とされています。
この当月分という考えは、社会保険に加入している月ということです。（在籍している月といいましょうか・・）
会社の給与対象月は、ここでいう当月とは違いますので別で考えてください。
（会社によって違うということがあるのは会社の給与対象月としてお話されている為です。
会社の締め、支払いは会社によって違いますので）
これは、社会保険事務所からの保険料の請求（口座引落）は、当月分を翌月末に引き落すこととなっている関係上、会社が従業員の給与より預かった保険料（保険料は折半で従業員は半額負担）を社会保険事務所からの引落の直近の給与支払日で引くというわけです。
（つまり預かって支払うまでの期間、勝手に運用できないよう）
さて、基本的考えをご理解いただいたところで、本題の途中入社、退社の考え方ですが、社会保険に加入した月から保険対象月となり、社会保険を喪失した月の前月までが保険対象月となります。ここで、注意したいのが「喪失した日」というのは退職した日の翌日です。例えば8月末で退職した場合、喪失は9月1日となり、喪失した月、9月の前月である8月については保険料の対象月となります。
具体的な例を挙げて見て見ましょう
＜ケース１＞2007/8/１入社、2008/7/31退社。末締め翌月10日払いのケース
2007年8月1日入社なので、8月からが保険対象月となり、翌月の給与支払である9月10日の8月給与から保険料を引き始めます。
2008年7月31日に退社ということは8月1日が喪失日になり、喪失した月の前月7月までが保険対象月です。 8月10日に支払う7月給与は、社会保険料を控除します。
＜ケース２＞2007/8/26入社、2008/8/25退社。当月25日締め当月末払いのケース
2007年8月26日入社なので、8月からが保険対象月となり、翌月の給与支払である9月31日の9月給与から保険料を引き始めます。
2008年8月25日に退社ということは8月26日が喪失日になり、喪失した月の前月7月までが保険対象月です（病院には8月25日までは健康保険として保険証は使えます）。8月31日に支払う8月分の給与は、社会保険料を控除します。
ちなみに、この考え方は算定による保険料の変更や、料率変更も同じです。
年に1回の算定基礎届による新たな標準報酬の保険料は9月分からとなります。
実際の徴収は翌月にある給与支払日からです。
国民年金も同じように考えますので、会社で徴収されない月は国民年金で徴収されるようになります。
以上、社会保険事務所はこういった考え方で保険料を計算し徴収しますが、本人からの徴収についてはのタイミング（翌月、当月）以上に、大切なのは、
1ヶ月多い、少ないといったような過不足する月なく徴収することです
（例えばケース１もケース２でも合計12個月分です。それが合計13月分徴収したり
11月分しか徴収しなかったということがないようすること） 。